蛋白质格式转换
PDB / PDBQT / MOL2 互转，自动识别输入格式
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蛋白质格式转换工具
基于 OpenBabel，支持自动识别输入格式
点击或拖拽上传蛋白质文件（PDB / PDBQT / MOL2）
关于蛋白质格式转换
蛋白质结构在下载、对接、模拟三个阶段用的往往不是同一种文件格式：从 PDB 数据库拿到的是 PDB，对接要转成 PDBQT，分子动力学或某些可视化流程又需要 MOL2。手动装 OpenBabel 转换虽然可行，但版本、参数和依赖经常出问题。
本工具在浏览器里完成转换：上传文件、选目标格式即可，输入格式自动识别；还可以顺手把水分子、离子和冗余注释一起去掉，省掉一次"预处理"的往返。
支持的格式与选项
- PDB → PDBQT：转成 AutoDock Vina 等对接程序的输入格式，自动附加原子类型与扭转信息
- PDB → MOL2：用于需要 Tripos 格式的下游流程
- PDBQT → PDB / MOL2：反向转换，便于查看结构或接入其他工具
- 去水去离子：可选，对接前建议开启
- 清理注释行：可选，去掉 REMARK / HEADER 等非结构记录，减小文件体积
适用场景
- 分子对接前把蛋白 PDB 转成 PDBQT，交给 AutoDock Vina 或 AutoDock4
- 把 AlphaFold / Swiss-Model 的预测结构整理成对接可用的格式
- 同一批结构统一格式，便于批量跑流程
- 教学和快速验证时，避免为了一次转换去装一整套化学信息学依赖
常见问题
PDB 和 PDBQT 有什么区别？
PDB 是通用结构文件格式，保留全部原子与氢原子；PDBQT 是 AutoDock 系列在 PDB 基础上扩展的格式，包含原子类型、部分电荷与可旋转键信息，专门用于分子对接。
转换时要不要同时去掉水分子和离子？
如果目标是分子对接，建议去掉，水分子和离子会干扰格点盒子与打分；如果要做分子动力学模拟并关心结构水，可以先保留，后续在体系构建时再处理。
转换后原子数变了吗？
转换通常不增删重原子，但如果勾选了去水去离子，HETATM 记录里的水与金属离子会被移除，原子数会相应减少。
蛋白质格式转换需要注册吗？
不需要注册，完全免费。上传文件、选择目标格式即可转换。