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关于复合物拆分（化合物拆分）

从 PDB 数据库下载的结构文件，往往是一个"复合物"：里面既有蛋白质的氨基酸链，也有小分子配体、水分子、金属离子、糖基、脂质甚至核苷酸。做分子对接之前，必须把蛋白质和小分子（化合物）分开——这一步就是复合物拆分，也常被叫做化合物拆分、蛋白-配体拆分或配体提取。

手工拆分的麻烦在于：HETATM 记录里混着水、离子、辅因子、糖链，靠肉眼分辨既慢又容易漏。本工具会自动把残基分成蛋白质、水/离子、核苷酸、糖类、脂质、候选配体六类，并用 RDKit 对候选配体做解析校验，给出分子式与 SMILES，你只需要确认哪一个才是要做对接的目标化合物。

输入与输出

输入：蛋白-配体复合物 PDB 文件；可选指定配体残基名（支持逗号分隔多个，如 LIG,STI）。

输出：

• 蛋白 PDB：只保留蛋白链（可选保留或去除水与离子），末尾自动补 TER / END，可直接用于对接和 MD
• 配体 PDB / MOL2 / SMILES：提取出的小分子（化合物），MOL2 可用于 GROMACS 拓扑生成，SMILES 便于查库比对
• 候选配体列表：每个候选残基的原子数、元素组成、分子式、SMILES 与 RDKit 校验结果
• 分类统计：蛋白质残基数、水/离子数、核苷酸、糖类、脂质、未知残基数量

适用场景

• 从 PDB 下载的晶体结构里带配体，需要拆开做重对接（redocking）验证方法
• 提取晶体结构中的参考配体，用于比对对接构象
• 提取共晶小分子做骨架跃迁或相似性搜索
• 准备分子动力学模拟前的蛋白与配体拓扑文件
• 批量清理结构文件中的水、离子、糖链等无关成分

常见问题

复合物拆分和化合物拆分是一回事吗？

基本是同一个需求的不同叫法。习惯上把蛋白-配体整体叫复合物，把其中的有机小分子叫化合物或配体，所以复合物拆分、化合物拆分、蛋白配体拆分指的都是把这两部分分开。

拆分后的配体识别错了怎么办？

工具会列出所有候选配体及其原子数、分子式和 SMILES 校验结果。你可以直接指定残基名（支持逗号分隔多个）重新提取，也可以在候选列表中手动勾选需要的残基。

为什么提取出来的配体 SMILES 是空的？

常见原因是该残基缺少氢原子或键级信息，RDKit 无法推断连接关系。可以先补氢后再转换，或者直接使用输出的 PDB 文件，交给下游的加氢加电荷工具处理。

拆分需要注册吗？

不需要注册，完全免费。建议上传单个复合物结构而不是整个晶胞，处理更快、结果更干净。

相关工具

拆分完成之后，通常接着做这几步：