免费分子处理工具箱

无需注册，上传文件即可使用。注册后解锁分子对接、动力学模拟等全部功能

选择工具

拆分复合物

从 PDB 中分离蛋白和配体

蛋白质格式转换

PDB/PDBQT/MOL2 互转

小分子格式转换

SDF/MOL2/PDB/SMILES 互转

对接前准备

清理 PDB 注释/水/离子

口袋预测 & 可视化

fpocket 预测 + 3D 展示

拆分复合物

从复合物 PDB 中分离蛋白质和小分子配体，自动去除水/离子

点击或拖拽上传复合物 PDB 文件

配体残基名

蛋白质中同时去除水分子和金属离子

蛋白质格式转换

PDB / PDBQT / MOL2 互转

点击或拖拽上传蛋白质文件

目标格式

去除 AlphaFold/Swiss-Model 注释行去除水分子和离子

小分子格式转换

SDF / MOL2 / PDB / PDBQT / SMILES / INCHI 互转

上传文件

SMILES 输入

点击或拖拽上传小分子文件

目标格式

对接前准备

清理 PDB 文件（去除注释行、水、离子等）

点击或拖拽上传 PDB 文件

去除 AlphaFold/Swiss-Model 注释（HEADER/REMARK/TITLE 等）去除水分子和金属离子去除 altloc 多构象（仅保留 A）标准化残基名（HID/HIE/HIP → HIS 等）

结合口袋预测 & 可视化

使用 fpocket 预测蛋白质表面结合口袋，输出每个口袋的坐标、范围，并在蛋白质 3D 结构上可视化

点击或拖拽上传蛋白质 PDB 文件

最大口袋数

上传蛋白质 PDB 文件并点击"预测口袋"结果将在此处以 3D 形式展示口袋位置

注册解锁全部专业功能

注册送积分，即可使用分子对接、分子动力学等全部功能

分子对接分子动力学 3D 可视化

立即免费注册

标题

免费 分子处理工具箱

拆分复合物

蛋白质格式转换

小分子格式转换

对接前准备

结合口袋预测 & 可视化

注册解锁全部专业功能

免费分子处理工具箱