关于 PDB 预处理（对接前准备）

刚从数据库下载的 PDB 文件往往不能直接拿去做对接：里面混着成千上万行 REMARK / USER 注释、水分子、金属离子、辅因子和配体，有些残基还带多个交替构象（altloc）。这些内容会让格点盒子判定失准、读取出错，甚至让对接或模拟流程直接报错。

本工具做的是对接前准备里最标准的那一步清洗：只保留 ATOM / HETATM(标准残基) / TER / END 记录，其余一律剔除，再按需处理 altloc 和残基名标准化，最后给出一个干净、规范的蛋白 PDB。

清理项说明

• 去除注释：丢弃 REMARK、HEADER、CRYST1、ORIGX、SCALE、MODEL 等非结构行，包括 AlphaFold、Swiss-Model 写入的置信度注释
• 去水去离子：移除 HOH / WAT 等水分子与 Na⁺、Cl⁻、K⁺、Mg²⁺、Zn²⁺ 等金属离子
• 去配体与非标准残基：非标准氨基酸和有机小分子一并剔除，保证蛋白链干净
• altloc 处理：同一残基的多个交替构象只保留 A 构象，避免原子重复
• 残基名标准化：把 HID / HIE / HIP 统一成 HIS，CYX 统一成 CYS，ASH→ASP、GLH→GLU、LYN→LYS、MSE→MET 等
• 结构体检：输出原子序号重复、缺 TER、缺 END、疑似非蛋白文件等问题提示

适用场景

• 分子对接前清理蛋白结构，确保格点盒子与打分不受水、离子干扰
• 处理 AlphaFold / Swiss-Model 预测结构，去掉大量注释与低置信度冗余行
• 整理从 PDB 数据库下载的结构，统一成规范格式后再跑流程
• 分子动力学模拟前，把结构整理成建模工具的干净输入

常见问题

分子对接前为什么要去掉水和离子？

水分子和金属离子会占据结合口袋，干扰格点盒子的自动判定与对接打分，多数常规对接流程会先去掉它们；如果需要保留关键结构水，可以在对接时再单独加回。

AlphaFold 预测的 PDB 可以直接对接吗？

可以，但建议先用本工具清理。AlphaFold 与 Swiss-Model 的结构常带有大量 REMARK、USER 注释行以及偏低置信度的柔性区，清理后结构更规范，对接与模拟流程更不容易报错。

altloc 是什么？需要处理吗？

altloc 是同一残基在晶体中出现的多个构象（交替位置）。对接前通常只保留 A 构象，避免同一原子重复出现导致读取出错。

PDB 预处理需要注册吗？

不需要注册，完全免费，处理完成后可以直接下载清理后的 PDB 文件。

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