使用教程与收费标准

分子对接

盲对接 / 指定口袋

预测小分子配体与蛋白靶点的结合模式与亲和力，支持盲对接与指定口袋两种模式，全程可视化操作。

提交流程

1

点击顶部导航 「新建对接」或工作台快捷入口进入提交页。

2

上传蛋白质结构文件（PDB），可同时上传配体（SDF / MOL2 / PDBQT）。

3

选择模式：盲对接（自动识别口袋）或 指定口袋（手动输入坐标）。

4

设置对接参数（exhaustiveness 等，有默认值可按需调整）。

5

提交任务，在 「对接任务列表」实时查看进度，完成后进入结果页。

结果与模块关联

构象按 Vina 打分排序，打包下载

3D 可视化：3Dmol 多模式渲染

2D 作用图：PandaMap 氢键 / 疏水 / π-π 标注

BINANA 定量统计：氢键/疏水/π-π/盐桥/卤键/金属配位

选中最优构象 「一键发起 MD 模拟」，无需重新上传

收费标准：盲对接 20 积分 / 次，指定盒子对接 10 积分 / 次。积分可在「积分管理」页查看与充值。

流程：分子对接 3D 可视化 PandaMap 2D BINANA 分析一键发起 MD

分子动力学模拟

GROMACS / 全套分析

评估复合物在纳秒尺度下的构象稳定性与相互作用持久性，自动完成体系构建、平衡、生产模拟与全套后分析。

提交流程

1

方式 A：从对接结果页 「一键发起 MD」，自动带入复合物结构。

2

方式 B：点击 「新建 MD」进入提交页，上传或选择复合物结构。

3

选择力场与溶剂模型（自动生成水盒子、添加离子至生理浓度）。

4

设置模拟参数（模拟时长等，均有默认值）。

5

自动执行：体系构建 → 能量最小化 → NVT/NPT 平衡 → 生产模拟 → 后分析。

结果（27+ 张图表）

基础分析：RMSD / RMSF / Rg / SASA / 氢键

能量监控：温度 / 压力 / 密度 / 动能 / 势能 / 总能量

自由能计算：MMPBSA 结合自由能 + 残基分解

专业分析：PCA 特征值谱 / 自由能景观(2D/3D) / 配体 RMSD / 构象聚类

高级分析：残基接触频率 / 接触热图 / 距离-角度演变 / 相关性矩阵

所有图表支持 SVG / PNG / PDF 导出，一键打包下载

收费标准：基础 250 积分 / 次。超长蛋白（>380 氨基酸）每超 100 氨基酸加收 20 积分。

流程：对接结果 MD 模拟基础分析 / 能量监控 MMPBSA 自由能 PCA / 聚类 / 自由能景观

材料与方法

计算参数与软件版本

分子对接 — AutoDock Vina 1.2.5

蛋白配体结构文件使用 ADFRsuite 1.0 中的 prepare_receptor 和 prepare_ligand 脚本处理，转换为 PDBQT 格式。质子化状态在 pH 7.4 条件下由 OpenBabel 3.1.1 自动分配。对接参数：exhaustiveness = 16，num_modes = 9，energy_range = 3 kcal/mol。盲对接模式下搜索盒子覆盖整个蛋白结构；指定口袋模式下用户提供中心坐标与盒子尺寸。结果分析采用 PandaMap 生成 2D 配体-残基相互作用图（氢键、疏水接触、π-π 堆积、盐桥），BINANA 用于定量统计氢键、疏水、π-π、盐桥、卤键、金属配位等非共价作用类型与数量。

分子动力学模拟 — GROMACS 2024

蛋白力场使用 AMBER99SB-ILDN，配体力场参数通过 GAFF2 力场和 RESP/AM1-BCC 部分电荷，由 Sobtop 1.0 和 ACPYPE 工具生成。溶剂模型为 TIP3P 水分子，dodecahedron 盒子，缓冲距离 1.0 nm。体系添加 Na⁺/Cl⁻ 离子中和至生理浓度 0.15 M。

阶段	算法/参数	时长
能量最小化	Steepest Descent, Fmax < 1000 kJ/mol/nm	~5000 步
NVT 平衡	v-rescale 温度耦合, 310 K	100 ps
NPT 平衡	Parrinello-Rahman 压力耦合, 1 bar	100 ps
生产模拟	Leap-frog 积分器, 步长 2 fs, LINCS 约束	50 ns

长程静电使用 PME，截断距离 1.0 nm。每 10 ps 保存轨迹。后分析包括 RMSD、RMSF、Rg、SASA、蛋白-配体氢键、PCA 主成分分析、自由能景观 (FEL)、构象聚类。结合自由能计算采用 MMPBSA 方法（gmx_MMPBSA 1.6.0），并进行了残基自由能分解。

标题

分子对接

分子动力学模拟

材料与方法