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关于小分子格式转换

做分子对接和分子动力学模拟时，同一个小分子在不同软件之间有一堆格式：从数据库下载的常是 SDF，AutoDock 要用 PDBQT，GROMACS 拓扑生成常用 MOL2，文献和数据库里给的是 SMILES，可视化软件又偏好 PDB。格式转来转去，是配体准备阶段最琐碎的一步。

本工具把这一步放到浏览器里：上传文件或者直接粘贴 SMILES，选好目标格式就能拿到转换结果，输入格式会自动识别，不用手动指定。

支持的格式

• SDF：最常见的二维/三维小分子文件，多数化合物数据库的导出格式
• MOL2：带原子类型与电荷信息，常用于 GROMACS / AMBER 的拓扑生成
• PDB：通用结构格式，便于可视化与查看
• PDBQT：AutoDock Vina / AutoDock4 的对接输入格式，含扭转树信息
• MOL：MDL Molfile
• SMILES：一维字符串，便于检索、比对和批量处理
• InChI：国际化学标识符，适合做唯一性核对

适用场景

• 从 PubChem / ChEMBL 下载 SDF，转成 PDBQT 去做分子对接
• 拿到一条 SMILES，需要生成 3D 结构再对接（工具会自动加氢、生成坐标并做力场优化）
• 把 PDB 格式的配体转成 MOL2，用于分子动力学模拟的拓扑准备
• 批量把结构文件统一成同一种格式，方便脚本处理

常见问题

支持哪些小分子格式互转？

目标格式支持 SDF、MOL2、PDB、PDBQT、SMILES、MOL、InChI；输入可以是这些格式中的任意一种，也可以直接粘贴 SMILES 字符串，输入格式会自动识别。

粘贴 SMILES 能直接生成 3D 结构吗？

可以。输入 SMILES 后工具会先加氢、生成 3D 坐标并做力场优化，再输出成你指定的格式，适合从数据库拿到 SMILES 后直接准备对接用的配体文件。

为什么转成 PDBQT 之后氢原子少了？

PDBQT 是 AutoDock 系列使用的格式，通常只保留极性氢并合并非极性氢，同时会添加 ROOT、TORSDOF 等扭转树信息，这是对接所需的正常行为。

格式转换需要注册吗？

不需要注册，完全免费，支持批量转换。

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