DynaDock 免费分子处理工具箱：复合物拆分、格式转换与口袋预测

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复合物拆分（化合物拆分）结合口袋预测小分子格式转换蛋白质格式转换 PDB 预处理

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拆分复合物

从 PDB 中分离蛋白和配体

蛋白质格式转换

PDB/PDBQT/MOL2 互转

小分子格式转换

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口袋预测 & 可视化

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拆分复合物

从复合物 PDB 中分离蛋白质和小分子配体，自动去除水/离子

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配体残基名

蛋白质中同时去除水分子和金属离子

蛋白质格式转换

PDB / PDBQT / MOL2 互转

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去除 AlphaFold/Swiss-Model 注释行去除水分子和离子

小分子格式转换

SDF / MOL2 / PDB / PDBQT / SMILES / INCHI 互转

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目标格式

对接前准备

清理 PDB 文件（去除注释行、水、离子等）

点击或拖拽上传 PDB 文件

去除 AlphaFold/Swiss-Model 注释（HEADER/REMARK/TITLE 等）去除水分子和金属离子去除 altloc 多构象（仅保留 A）标准化残基名（HID/HIE/HIP → HIS 等）

结合口袋预测 & 可视化

使用 fpocket 预测蛋白质表面结合口袋，输出每个口袋的坐标、范围，并在蛋白质 3D 结构上可视化

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最大口袋数

上传蛋白质 PDB 文件并点击"预测口袋"结果将在此处以 3D 形式展示口袋位置

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